Убрать ^M в конце строк текстового файла

dos2unix filename

sed -i 's/\r$//' filename

sed -i 's/\r//g' file

find . -type f -name '*.php' -exec sed -i -r 's/\r$//g' {} \; - то же самое, но для всех файлов .php в поддиректориях.